《假面骑士KABUTO》的剧情围绕着天缠阳世这个名叫神樱凛司的普通高中生展∵∵∵。他与朋友们成为“Rider”，战斗组织ZECT，通过穿戴装备将其转变成令人恐惧的异形化怪物“Worm”。而凛司则以假面骑士KABUTO身份对抗Worm，并发现了一个时间倒流时空穿越机构“时钟草莓”和关于自己过去的秘密。在平行宇宙旅程中，他与敌对角色Gatack一同作战，在保卫世界免于灭亡的同时揭开了真相。